Tháng 4 năm 1956, Việt Nam Cộng hòa kế thừa Quốc gia Việt Nam quản lý quần đảo Hoàng Sa. Riêng hai đảo lớn nhất là Phú Lâm và Linh Côn thuộc quần đảo này đã bị Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa (Trung Quốc) chiếm trước khi quân đội Việt Nam Cộng hòa ra đóng quân.

Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa chiếm quần đảo Hoàng Sa từ Việt Nam Cộng hòa từ ngày 19 tháng 1 năm 1974 khi quân đội của họ tấn công quân đồn trú Việt Nam Cộng hòa và chiếm các đảo phía tây trong trận Hải chiến Hoàng Sa năm 1974.Năm 1988, Trung Quốc đã chiếm một số đá ngầm tại quần đảo Trường Sa.Năm 1995, Trung Quốc chiếm đá ngầm Vành Khăn đang do Philippines kiểm soát.

Các sự kiện nổi lên trong quan hệ Việt - Trung như cản trở hợp đồng của BP với Việt Nam trong vùng Nam Côn Sơn (năm 2007), cản trở hợp đồng của Exxon Mobil với Việt Nam (năm 2008), Vụ Trung Quốc tấn công ngư dân Việt Nam 2005, vụ tàu Trung Quốc bắn ngư dân Việt Nam năm 2007,[32] vụ Trung Quốc bắt ngư dân Việt Nam 2009, vụ căng thẳng giữa tàu thăm dò đại dương USNS Impeccable của Mỹ với một số tàu Trung Quốc đầu năm 2009[33] v.v... đều nằm trong ranh giới đường chín đoạn trong khu vực Biển Đông. Trung Quốc đơn phương cấm ngư dân Việt Nam đánh bắt cá trong khu vực trên.

Vào tháng 11 năm 2007, Quốc vụ viện nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa thành lập một đô thị cấp huyện (huyện cấp thị) thuộc tỉnh Hải Nam lấy tên là Tam Sa (tiếng Trung: 三沙市) có phạm vi quản lý 3 quần đảo trên Biển Đông, trong đó có hai quần đảo tranh chấp với Việt Nam: quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa (mà Trung Quốc gọi là quần đảo Tây Sa và quần đảo Nam Sa). Việc này đã dấy lên một phong trào biểu tình tự phát tại Việt Nam để phản đối, nhưng không thành.

Năm 2011, căng thẳng dâng lên khi các tranh chấp giữa Trung Quốc với Việt Nam và Philippines nổ ra. Ngày 26 tháng 5 năm 2011, 3 tàu hải giám của Trung Quốc xâm nhập lãnh hải của Việt Nam, phá hoại thiết bị và cản trở tàu khảo sát địa chấn Bình Minh 02 của Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam đang hoạt động tại vùng biển miền Trung chỉ cách mũi Đại Lãnh của tỉnh Phú Yên 120 hải lý.[34][35][36] Tiếp đó là sự kiện một tàu thăm dò dầu khí khác của Việt Nam thuê vừa bị tàu Trung Quốc phá hoại thiết bị vào ngày 9 tháng 6.[37][38][39] Bộ Ngoại giao Việt Nam nói Trung Quốc vi phạm nghiêm trọng quyền chủ quyền của Việt Nam, yêu cầu nước này "chấm dứt ngay, không tái diễn" những hành động đó, đồng thời đòi bồi thường thiệt hại. Việt Nam cũng cho rằng hành động của Trung Quốc vi phạm Công ước luật biển năm 1982 của Liên Hiệp Quốc, trái với tinh thần và lời văn của tuyền bố năm 2002 giữa ASEAN và Trung Quốc về ứng xử của các bên trên Biển Đông, cũng như "nhận thức chung của lãnh đạo cấp cao hai nước".[40] Phản hồi cáo buộc của Việt Nam, phía Trung Quốc nói vụ việc ngày 26 tháng 5 là "hoạt động bình thường trong vùng biển chủ quyền của nước này".[41] Người Phát ngôn Bộ Ngoại giao Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa Khương Du tuyên bố "Trung Quốc phản đối việc Việt Nam thăm dò và khai thác dầu khí tại khu vực Biển Đông thuộc chủ quyền của Trung Quốc", vì nó "đi ngược lại lợi ích và chủ quyền của Trung Quốc tại Biển Đông, vi phạm nhận thức chung mà hai bên đã đạt được về vấn đề này".[41] Ngày 9 tháng 6 năm 2011, 2 tuần sau vụ tàu Bình Minh 02, một tàu thăm dò dầu khí khác của Việt Nam thuê lại tiếp tục bị tàu Trung Quốc phá hoại thiết bị.[37][38][39][39]

Tháng 5 năm 2014, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa đưa giàn khoan HD-981 vào khu vực Biển Đông vào ngày 1 tháng 5 năm 2014, dẫn tới việc nhà nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam ra tuyên bố phản đối, đồng thời tàu thuyền của hai quốc gia đã có một số va chạm.